Vào tối ngày 15 tháng 4 năm 2024, Trung tướng Tô Ân Xô – phát ngôn viên Bộ Công an Việt Nam cho biết đã khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Nguyễn Duy Hưng (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Tập đoàn Thuận An) về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" và "Đưa hối lộ".[24] Ngoài ra còn có Trần Anh Quang (Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Thuận An) về tội danh "Đưa hối lộ"; Nguyễn Khắc Mẫn (Phó Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Thuận An) về tội danh "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" và "Đưa hối lộ"; Nguyễn Văn Thạo (Giám đốc Ban quản lý dự án Đầu tư xây dựng các công trình giao thông, nông nghiệp tỉnh Bắc Giang) và Đàm Văn Cường (Phó Giám đốc Ban quản lý dự án Đầu tư xây dựng các công trình giao thông, nông nghiệp tỉnh Bắc Giang) cùng tội danh "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" và "Nhận hối lộ";[24] Hoàng Thế Du (Trưởng phòng Ban Quản lý dự án tỉnh Bắc Giang) về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".[25] Các quyết định của Cơ quan Cảnh sát điều tra đã được Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê duyệt.[24]

Sau đó ngày đầu tiên khởi tố các bị can liên quan đến Tập đoàn Thuận An, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đã gửi công văn về hàng loạt các tỉnh, thành để yêu cầu cung cấp các tài liệu, hồ sơ có liên quan đến Tập đoàn này như Đắk Lắk, Phú Yên, Quảng Nam. Cụ thể ở Đắk Lắk, Tập đoàn có liên quan đến gói thầu số 3 xây dựng đoạn Km0 đến Km20+500 thuộc Dự án đầu tư xây dựng đường Hồ Chí Minh ở phân đoạn tránh phía đông Thành phố Buôn Ma Thuột.[25] Ngoài các tỉnh được yêu cầu rà soát ban đầu, nhiều địa phương khác cũng được trung ương yêu cầu rà soát như: Quảng Nam ngày 19 tháng 4;[26] Bình Dương ngày 20 tháng 4;[20] Quảng Ninh ngày 22 tháng 4.[27]

Đến ngày 22 tháng 4, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an tiếp tục công bố quyết định khởi tố bổ sung, bắt tạm giam đối với ông Phạm Thái Hà (Phó Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội, Trợ lý Chủ tịch Quốc hội) vì tội danh "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi" tại Tập đoàn Thuận An và các đơn vị, tổ chức có liên quan.[28][29] Vào ngày 26 tháng 4, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã thông qua Nghị quyết 1046/NQ–UBTVQH15 về việc đồng ý khởi tố, bắt giam đại biểu Quốc hội Dương Văn Thái (Bí thư Tỉnh ủy Bắc Giang, Trưởng đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Bắc Giang). Quyết định này được đưa ra theo đề nghị của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao. Tuy nhiên, đến ngày 1 tháng 5 truyền thông Việt Nam mới đưa tin và lý do chi tiết bắt giữ ông cũng không được công bố trừ việc ông có liên quan đến các sai phạm tại Tập đoàn Thuận An.[30]